1986. aastal otsustati Vanalinna päevade konverentsil anda äsja restaureeritud hoone aadressil Uus tn. 16 (praegune Vanalinna Muusikamaja) lastele orienteeritud kultuurikeskuse loomiseks. Vanamuusikat, ajaloolist tantsu, ajaloolisi kunste ja käsitöövorme tutvustavate ringidega alustas tegevust Ajalooliste Kunstide Kool, kus tegutses kooliõpilaste draamaring 6–18aastaste laste osavõtul. 
Initsiatiivgrupiks keskuse ideoloogilise ja teoreetilise kontseptsiooni rajamisel kujunes rühm kultuuri- ja haridustegelasi (Taivo Niitvägi, Kersti Nigesen, Lembit Peterson, Ülo Vooglaid, Toomas Vooglaid, Zoja Mellov jt). Nendest moodustus Muusikamaja Consilium ehk Vanematekogu, kes on juhtinud VHKd ja tema arengukontseptsiooni väljatöötamist (väikeste muudatustega koosseisus) tänaseni. 
1987. aastal kajastus vajadus uut tüüpi kooli järgi ka Vanalinna päevade konverentsi soovitustes, kus peeti otstarbekaks paigutada Uus tn 19 (nn Okasroosikese lossi) kool, mis oleks suunatud esteetilisele kasvatusele ja kultuurimälestiste kaitsele. Muusikamaja aastane töökogemus näitas omalt poolt, et suhteliselt juhusliku ringilise tegevuse kaudu pole väga olulist nihet esile kutsuda võimalik ei laste hoiakutes ega ka hariduses.
1987. aasta sügisel võeti Muusikamaja saalis vastu kaks esimest klassi: poisid ja tüdrukud, kes ametlikult kuulusid 2. Keskkooli nimekirja. Poiste klassijuhatajaks sai Andry Ervald, tüdrukute klassijuhatajaks Hela Leimann.
Tähtsal kohal olid folklooritunnid ja Muusikamajas korraldatud kontserdid, mis pakkusid lastele suurt huvi ja innustasid erinevaid instrumente lähemalt uurima. Professionaalsete muusikute musitseerimine Muusikamajas andis lastele võimalusi pillide proovimiseks ja individuaalseteks pillitundideks (lapsed valisid enamasti plokkflöödi-, klaveri- ja viiulitunnid, aga ka klavessiini- ja kitarriõpingud). 
Tegevust alustas Vanalinna Muusikamaja poistekoor, mis praegu on tuntud Püha Miikaeli Poistekoorina ja mille repertuaaris oli algusest peale põhiline rõhk varasel muusikal. Paari aastaga kasvas koor niivõrd, et juba 1989. aastal anti kontserte mitmes Tallinna kirikus.
1990. aasta septembris sai Vanalinna Hariduskolleegium pillitundideks uue õppehoone Aia tn 13. Muusikamaja saalis, salongis ja klassis teravas ruumikitsikuses tegutsenud muusikaringid ja pillitunnid kolisid päris oma majja, mida omavahel hakati kutsuma pillimajaks. 
Koos avaramate tingimustega tekkisid uued nägemused ja perspektiivid, mis materialiseerusid kirjas Tallinna Linnavalitsusele ja Kultuuriministeeriumile, kus kirja sisuks oli Laste Kunsti- ja Muusikakooli avamine. Ehkki muusikakooli olemasolu dokumentaalseks kinnituseks võib lugeda 1990. aasta lõpul vastu võetud Vanalinna Hariduskolleegiumi põhimäärust, toodi Muusikamajast pillitunde uutesse ruumidesse üle juba 1990. aasta septembris. Niiviisi ei saagi määratleda VHK Muusikakooli formeerimise kindlat tähtpäevalist verstaposti. Kool töötas nii, et klassid olid laiali erinevates majades: üks klass Uus tn 16 teisel korrusel, neli klassi Aia tn 20 ja üks klass Aia tn 13. 
Nendest õpetajatest, kes tollal alustasid, töötavad VHK Muusikakoolis endiselt Evelin Kivirand, Elo Toodo-Jakobs, Karin Suss ja Ingrit Vooglaid. 
Kui esimesel tegevusaastal oli muusikakoolis õpilasi mõnikümmend, siis praegu õpib VHK muusikakoolis 504 õpilast Vanalinna Hariduskolleegiumist, Püha Miikaeli koolist, Tallinna Toomkoolist ja teistest Tallinna koolidest.  
Muusikakooli eesmärk on siduda huviharidus ja üldharidus terviklikuks, lapsekeskseks haridussüsteemiks. Koostöö muusikakooli ja üldhariduskoolide vahel võimaldab õpilase koormuse optimaalsemat kavandamist, aitab efektiivsemalt korraldada õppetööd, leida ühilduvaid õppevorme, mis vastastikusel mõjul toetavad lõppkokkuvõttes lapse terviklikku arengut.
Ajalooliselt on pilliõpe tekkinud 17.–18. sajandil koorikapellide ja koorikoolide juurde. VHK Muusikakool on samuti loodud kui koorikool, kus pilliõppimine toetab koorilaulu ja laulmine pilliõpinguid. Laulmine ja häälejuhtimise tundmine toetab oluliselt pilliõpet, aitab mõista fraasikujunduse ja loomuliku musitseerimise aluseid ja annab õpilasele võimaluse tutvuda maailma muusikapärandiga. Ühismusitseerimise tunnid on muusikakooli õppekavas alates 1. klassist pühendatud koorilaulule. Loobumine kooritööst tähendab ühtlasi loobumist põhiõppe õpingutest. Erandeid tehakse silmapaistvate tulemuste tõttu erialas (osalemine vabariiklikel ja rahvusvahelistel konkurssidel) ja tervislikel põhjustel. Muusikakooli vastu võetud õpilased liituvad kooridega vastavalt oma põhikoolile.

VHK Muusikakooli õppekavade paljususe ideeks on soov hoida õppeprotsessi käigus laste rõõmu muusikast ja leida igale õpilasele väljund eneseteostuseks läbi muusika. Õnnestumisrõõmu ei ole võimalik kogeda ilma sügava omapoolse panuse ja aktiivse koduse toetuseta, nii on muusikakoolis õppides igapäevane erialapilli harjutamine ja lapsevanemate tihe kontakt erialaõpetajaga iseenesestmõistetav nõue.

Ääretult oluline on mitte ainult äratada huvi muusika vastu, vaid arendada lastes ka neid eetilisi norme, mis tagavad inimese vaimset tervist kujundava keskkonna. See on põhjus, miks VHK Muusikakool on oma teeks valinud rõhuasetuse vanamuusikale, vaimulikule ja rahvamuusikale.

VHK Muusikakooli pedagoogilise kaadri komplekteerimisel on püütud õpetajateks kutsuda eelkõige tegevmuusikuid, kelle kaudu õpilastel tekiks kontakt ja elav suhe kontserdi- ja muusikaeluga.

VHK Muusikakooli juhatajad:
1991 Reet Nikkel
1992 Tõnu Sepp
1995 Siiri Siimer
1997 Aive Sarapuu
1998 Peeter Sarapuu 
2013 Karin Veissmann

Tänu 2015. aastal alguse saanud projektile „Igal lapsel oma pill“ on VHK Muusikakool saanud paljude pillide võrra rikkamaks. Aitäh!
2015 – kontrabass
2016 – flööt, tšello, kaks kitarri
2017 – keskaegne harf, trompet, kaks vioolat
2018 – klavessiin, altsaksofon
2019 – Muusikamaja oreli remont
2020 – vioola

Tänu eraisikute annetustele oleme saanud koolile kaks tšellot, kaks flööti, kolm trompetit, kaks pianiinot, kontrabassi, kontsertklaveri ja hulgaliselt noodipulte. Aitäh!

LINK kontserdikalender

LINK pildigaleriisse ja youtube kanalile