Vanalinna Hariduskolleegiumi juhtimine on kollegiaalne. Juhtorganisse Vanematekogusse ehk Consiliumisse kuuluvad kõigi VHK allüksuste ning programmide juhid.

Vanematekogu ülesanded ja töökord

• Vanematekogu arutab kooli juhtimise, arengu ning oluliste teemadega seotud küsimusi.
• Koosolekud on avatud – neist võivad osa võtta ka teised kooliga seotud inimesed (VHK töötajad, õpilased, lapsevanemad).
• Koosolek toimub igal kolmapäeval kell 9.30 aadressil Vene 22, III korruse koosolekuteruumis.

Vanematekogu koosseis:

• Anu Nigesen, VHK direktor
• Kristel Üksküla, direktori asetäitja õppe- ja kasvatustöö alal, tervisenõukogu esindaja 
• Karin Veissmann, direktori asetäitja huvihariduse alal
• Josemaria Camean Ariza, kristliku kasvatuse programmi juht
• Mirjam Viikberg, keeltekeskuse juhataja
• Alar Saar, põhikooli juhataja 
• Riin Tergem, põhikooli õppealajuhataja (5.-9. klass) 
• Katrin Kaurit, algklasside õppealajuhataja 
• Anu Johanson, Kunstimaja juhataja 
• Taniel Kirikal, teabeteenistuse juhataja 
• Jaana Reissaar, majandusteenistuse juhataja 
• Virge Kadarik, VHK kantselei juhataja 
• Taivo Niitvägi
• Maria Peterson, teatriprogrammi juht
• Katrin Tanvel, muusikakooli õppealajuhataja
• Eve Padar, SA Püha Miikaeli Kolleegiumi esindaja
• Luule Karro, Miikaeli Ühenduse pearaamatupidaja
• Kadri Niineväli, gümnaasiumi juhataja 
• Aime Estonius, HEV õppe koordinaator 
• Krista Citra Joonas, Muusikamaja koordinaator
• Irja Tuus, MÜ Täppisteaduste kooli juhataja, gümnaasiumi õppealajuhataja
• Kersti Nigesen, Püha Miikaeli Kooli juhataja
• Hanno Padar, Püha Miikaeli Kooli põhikooli juht
• Ketter Üksküla, Püha Miikaeli Kooli algkooli juht
• Piret Arro, psühholoog
• Katrin Raie, Miikaeli Ühenduse tegevjuht
• Pille Raitmaa, gümnaasiumi õpetaja
• Raina Ventsli, Kohila Mõisakooli juhataja