VHK juhtimine on kollegiaalne. Juhtorganisse Vanematekogusse ehk Consiliumisse kuuluvad kõigi VHK allüksuste ning programmide juhid. Vanematekogu koosolek on avatud, st soovi korral võivad sellest osa võtta ka teised kooliga seotud inimesed (VHK töötajad, õpilased, lapsevanemad). Koosolek toimub kolmapäeviti kell 9.30 Vene 22 III korruse koosolekuteruumis. 

Vanematekogu koosseis:

Anu Nigesen, VHK direktor 
Kristel Üksküla, direktori asetäitja õppe- ja kasvatustöö alal, tervisenõukogu esindaja 
Karin Veissmann, direktori asetäitja huvihariduse alal
Josemaria Camean Ariza, kristliku kasvatuse programmi juht
Mirjam Viikberg, keeltekeskuse juhataja
Alar Saar, põhikooli juhataja 
Riin Tergem, põhikooli õppealajuhataja (5.-9. klass) 
Katrin Kaurit, algklasside õppealajuhataja 
Anu Johanson, Kunstimaja juhataja 
Taniel Kirikal, teabeteenistuse juhataja 
Jaana Reissaar, majandusteenistuse juhataja 
Virge Kadarik, VHK kantselei juhataja 
Taivo Niitvägi
Maria Peterson, teatriprogrammi juht
Katrin Tanvel, muusikakooli õppealajuhataja
Eve Padar, SA Püha Miikaeli Kolleegiumi esindaja
Luule Karro, Miikaeli Ühenduse pearaamatupidaja
Kadri Niineväli, gümnaasiumi juhataja 
Aime Estonius, HEV õppe koordinaator 
Krista Citra Joonas, Muusikamaja koordinaator
Irja Tuus, MÜ Täppisteaduste kooli juhataja, gümnaasiumi õppealajuhataja
Kersti Nigesen, Püha Miikaeli Kooli juhataja
Hanno Padar, Püha Miikaeli Kooli põhikooli juht
Ketter Üksküla, Püha Miikaeli Kooli algkooli juht
Piret Arro, psühholoog
Katrin Raie, Miikaeli Ühenduse tegevjuht
Pille Raitmaa, gümnaasiumi õpetaja
Raina Ventsli, Kohila Mõisakooli juhataja