VHK juhtimine on kollegiaalne. Vanematekogusse ehk Consilium Generalesse kuuluvad kõigi VHK allüksuste ning programmide juhid. Vanematekogu koosolek on avatud, st soovi korral võivad sellest osa võtta ka teised kooliga seotud inimesed (VHK töötajad, õpilased, lapsevanemad). Koosolek toimub kolmapäeviti kell 9.15 Vene 22 III korruse koosolekuteruumis.

Vanematekogu koosseis:

Anu Nigesen, VHK direktor 

Kristel Üksküla, direktori asetäitja õppe- ja kasvatustöö alal, tervisenõukogu esindaja 

Karin Veissmann, direktori asetäitja huvihariduse alal

Alar Saar, põhikooli juhataja 

Riin Tergem, põhikooli õppealajuhataja (5.–9. klass) 

Nele Dudkin, algklasside õppealajuhataja 

Kadri Niineväli, gümnaasiumi juhataja 

Irja Tuus, gümnaasiumi õppealajuhataja, Miikaeli Ühenduse Arengukeskuse juhataja 

Aime Estonius, HEV õppe koordinaator 

Piret Arro, psühholoog

Anu Johanson, Kunstimaja juhataja 

Katrin Tanvel, muusikakooli õppealajuhataja

Krista Citra Joonas, Muusikamaja koordinaator

Virge Kadarik, VHK kantselei juhataja 

Taniel Kirikal, teabeteenistuse juhataja 

Jaana Reissaar, majandusteenistuse juhataja 

Josemaria Camean Ariza, kristliku kasvatuse programmi juht

Pille Raitmaa, muusikaprogrammi ja kristliku kasvatuse programmi esindaja

Maria Peterson, teatriprogrammi juht

Taivo Niitvägi, muusikaprogrammi esindaja

Eve Padar, SA Püha Miikaeli Kolleegiumi esindaja

Luule Karro, Miikaeli Ühenduse pearaamatupidaja

Kersti Nigesen, Püha Miikaeli Kooli juhataja

Hanno Padar, Püha Miikaeli Kooli põhikooli juht

Ketter Üksküla, Püha Miikaeli Kooli algkooli juht

Katrin Raie, Miikaeli Ühenduse tegevjuht

Raina Ventsli, Kohila Mõisakooli juhataja

Mirjam Viikberg, keeltekeskuse juhataja